Chimie informatique chez AstraZeneca

Le laboratoire pharmaceutique international AstraZeneca cherche à commercialiser plus rapidement ses nouveaux médicaments.

DéfitCompiler et analyser des quantités de données considérables dans le domaine de la découverte de médicaments.
SolutionJMP® permet aux experts en chimie informatique d'AstraZeneca de manipuler et d'analyser des tables volumineuses pour identifier avec précision les molécules actives pour une cible particulière.
RésultatsLes scientifiques d'AstraZeneca tirent le meilleur parti des fonctions de visualisation de JMP et de la fiabilité de ses analyses pour mener leurs recherches plus rapidement, permettant ainsi à la société de commercialiser des médicaments de qualité sans délai.

Les experts en chimie informatique d'AstraZeneca ne se laissent plus décourager lorsqu'ils doivent manipuler des tables contenant parfois jusqu'à un million de lignes car ils savent que JMP va leur simplifier grandement la tâche.

"Nous disposons de quantités impressionnantes de données de types différents que nous devons réunir et analyser de façon réellement efficace", explique Paula Kitts, docteure en chimie spécialiste de chimie informatique chez AstraZeneca (Alderley Park, Royaume-Uni).

Paula Kitts travaille sur l'exploitation des petites molécules et de la modélisation des protéines dans le cadre de la conception moléculaire. Il s'agit ni plus ni moins de découvrir des médicaments. "En réalité, nous nous servons de la chimie informatique pour déterminer les éléments à calculer par ordinateur ou à prédire avec des modèles statistiques destinés à aider les chimistes à décider de la prochaine étape. Notre objectif est de leur permettre de concevoir les molécules potentiellement actives contre une cible spécifique", explique-t-elle.

Leur mission consistant notamment à collecter des volumes de données considérables, ces spécialistes en chimie informatique sont particulièrement séduits par les outils et techniques d'analyse de données offerts par JMP. Grâce à ce logiciel, ils peuvent collecter en un temps record des ensembles de données complexes et volumineux, puis présenter les informations de façon attrayante et lisible pour y repérer rapidement les modèles ou les problèmes. "C'est extrêmement rapide. D'autres logiciels permettent d'obtenir ces résultats, mais dispersés à différents endroits", précise Paula Kitts. "Avec JMP, tout est regroupé au sein d'un seul et même logiciel, alors qu'avant il nous en fallait trois ou quatre."

Les recherches menées par ces spécialistes de la chimie informatique jouent un rôle essentiel dans le cadre de projets multidisciplinaires rassemblant des chimistes d'horizons variés tels des experts en pharmacie ou en physique, ou encore des biotechnologues.

Il est primordial que les recherches soient menées en toute efficacité pour que ce géant de l'industrie pharmaceutique puisse commercialiser plus rapidement de nouveaux médicaments destinés à soigner des pathologies dans des domaines aussi divers que la gastroentérologie, les maladies cardiovasculaires, les neurosciences, les maladies respiratoires, le cancer, les inflammations et les infections.

Des fonctionnalités décuplées pour une plus grande efficacité

Pour mener à bien leurs projets, les scientifiques d'AstraZeneca s'appuient en majeure partie sur la manipulation de données. La compatibilité de JMP avec de nombreuses sources de données leur permet donc d'interroger directement les données des découvertes. "Je peux ouvrir n'importe quelle table sans devoir préalablement procéder au traitement des données qui s'y trouvent. Je rassemble toutes les données dans JMP où je les manipule et les transforme très rapidement moi-même", explique Paula Kitts. "Ce n'était pas toujours le cas avec les logiciels que nous utilisions précédemment."

AstraZeneca peut notamment tirer parti de l'accès à la base de données pour effectuer ses criblages à haut débit (HTS). "Lorsque nous testons notre collection de composés sur des cibles spécifiques, il nous arrive d'atteindre un million de lignes de données pour une cible particulière. C'est pourquoi nous apprécions de pouvoir y accéder directement dans JMP", indique Paula Kitts.

Cela permet en outre de gagner un temps précieux puisqu'au lieu d'ouvrir un nombre incalculable de tables, il suffit d'en ouvrir une seule. Paula Kitts cite l'exemple d'une batterie de 15 tests portant sur 6 composés. "Si j'avais dû ouvrir autant de tables volumineuses, cela aurait été particulièrement pénible", indique-t-elle. En lui proposant une vue unique de l'intégralité des données, JMP lui permet de savoir d'un simple coup d'œil si l'un des tests a échoué.

L'extrême rapidité de JMP permet en outre aux scientifiques d'exécuter des scénarios de simulation "what-if". " Vous avez la possibilité d'effectuer tout un tas d'essais, d'approfondir les recherches pour vous faire une meilleure idée de l'apparence des données. Et si vous vous trompez, il n'y a qu'à recommencer. C'est tellement rapide."

JMP permet vraiment de gagner du temps. Il suffit pour s'en convaincre de prendre sa fonction de script qui permet de mettre en œuvre des processus répétitifs, par exemple, pour effectuer une analyse spécifique toutes les semaines. "Une fois que vous avez déterminé l'analyse à effectuer, vous pouvez l'enregistrer pour la reproduire, sans avoir à y repenser à chaque fois", explique Paula Kitts. Si elle consacre une heure à effectuer une analyse la première fois, il lui suffit par la suite d'une minute au plus pour la réexécuter, soit un gain de temps d'une heure chaque fois qu'elle analyse de nouvelles données.

Progresser sans cesse

Client de SAS de longue date, le laboratoire AstraZeneca continue d'utiliser SAS dans de nombreux domaines, comme les statistiques orientées découverte, les biostatistiques et la programmation clinique. Au fil du temps, l'usage de JMP s'est généralisé en chimie informatique et ce logiciel est de plus en plus largement adopté par les chimistes en pharmacie et en physique qui officient dans le service. Paula Kitts et les 120 autres utilisateurs de JMP à Alderley Park qui ont pu tirer parti de la rapidité et de la convivialité du logiciel ont joué un rôle essentiel dans cette généralisation. Si JMP séduit tant les experts en chimie informatique, selon Paula Kitts, c'est qu'il leur évite d'investir du temps et de l'énergie dans la programmation.

Paula Kitts utilise JMP depuis son arrivée chez AstraZeneca, en 1997. Depuis lors, plusieurs mises à jour du logiciel ont été mises sur le marché. "Nous avons constamment effectué les mises à niveaux et les mises à jour de JMP. S'il reste identique en apparence, ses perfectionnements sont toujours flagrants. En plus, il ne cesse de progresser."

Le succès de JMP auprès des experts en chimie informatique d'AstraZeneca à Alderley Park a été tel que la société recommande à présent l'usage de ce logiciel à d'autres groupes. AstraZeneca a d'ailleurs élaboré son propre programme de formation sur JMP, en s'appuyant sur les fonctions particulièrement conviviales du logiciel pour initier les nouveaux utilisateurs.

"Utiliser JMP est un jeu d'enfant, même si vous le découvrez pour la première fois", indique Paula Kitts. "Nous proposons des formations en interne, mais elles sont généralement inutiles. Le plus souvent, une petite demi-heure d'initiation suffit à mettre les débutants sur les rails."

Sans tarder, les scientifiques d'AstraZeneca découvrent donc comment optimiser et accélérer leurs recherches à l'aide de JMP, qui devient rapidement l'un de leurs outils de prédilection. "Parfois, je me demande comment je mènerais à bien ma mission si je n'avais pas JMP à ma disposition", conclut Paula Kitts.

AstraZeneca offices in Alderley Park, England
“Je ne sais pas comment je réussirais à faire mon travail si je n'avais pas JMP.”
Dr. Paula Kitts

Chimiste informaticienne
AstraZeneca
Alderley Park, Angleterre

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