仮定したモデルに含まれていない効果が、応答に影響しているケースもあります。「交絡項」アウトラインには、仮定したモデルには含まれていないものの、モデル項の推定値にバイアスを与えている可能性がある効果を指定します。交絡行列(alias matrix)に、この「交絡項」アウトラインで指定した効果ごとに、それらの効果によって「モデル」のパラメータ推定値がどれだけバイアスをもつかが示されます。詳細については、付録「技術的詳細」の「交絡行列」を参照してください。