JMPのプロジェクトにより、1つの分析に必要なファイルを使いやすくまとめることができます。JMPファイル（レポート、データテーブル、スクリプト、ジャーナルなど）やJMP形式以外のファイル（Microsoft WordやAdobeのPDFファイルなど）をプロジェクトに追加することができます。分析を実行すると、データテーブル、レポートやグラフがプロジェクト内のタブに表示されます。複数のレポートやグラフを表示したり、プロジェクトやスクリプトエディタのログを表示したり、プロジェクトからスクリプトを実行することができます。レポートやグラフとデータテーブルとのリンクも維持されます。
プロジェクトを使うと、多くのJMPウィンドウがディスプレイ上に散らかってしまう状況を防げます。プロジェクトウィンドウを最大化して表示することもできます。プロジェクトを保存すると、プロジェクトの状態が保存されます（たとえば、開いているレポートやウィンドウのレイアウトなど）。