JMPのプロジェクトにより、1つの分析に必要な複数のファイルを使いやすくまとめることができます。JMPファイル（レポート、データテーブル、スクリプト、ジャーナルなど）やJMP形式以外のファイル（Microsoft WordやAdobeのPDFファイルなど）をプロジェクトに追加することができます。分析を実行すると、データテーブル、および、レポートやグラフが、1つのプロジェクト内のタブに表示されます。複数のレポートやグラフを表示したり、プロジェクトやスクリプトエディタのログを表示したり、プロジェクトからスクリプトを実行したりすることができます。レポートやグラフとデータテーブルとのリンクも維持されます。
プロジェクトを使うと、多くのJMPウィンドウが画面上に散らかってしまう状況を防げます。プロジェクトウィンドウを最大化して表示することもできます。プロジェクトを保存すると、プロジェクトの状態が保存されます（たとえば、開いているレポートやウィンドウのレイアウトなど）。