「階層型クラスター分析」サブレポートの樹形図は、関係行列に対するクラスター分析の結果です。主成分分析では、各個体に対して主成分スコアという連続量の指標が求められます。クラスター分析は、そのような主成分分析とよく一緒に行われる分析であり、各個体をクラスターというカテゴリカルなグループに分類します。また、求められたクラスター番号はデータテーブルに保存することができ、その後のゲノムワイド関連解析（GWAS; Genome Wide Association Analysis）などの解析に使用することができます。「階層型クラスター分析」サブレポートで［変数間クラスター］オプションを選択すると、個体間の関係推定値のヒートマップが作成されます。このヒートマップは、すべての個体間の関係を視覚的に調べるのに役立ちます。