표지자 근연성 플랫폼의 추가 예
표지자의 상호 작용에서 근연성을 계산하는 방법을 알아봅니다.
1. 도움말 > 샘플 데이터 폴더를 선택하고 Life Sciences > Genotypes Pedigree.jmp를 차례로 엽니다.
2. 분석 > 생명 과학 > 표지자 근연성을 선택합니다.
3. Markers(60/0)를 선택하고 표지자를 클릭합니다.
4. 배수성에 "2"를 입력합니다.
5. 난수 시드값 설정에 "12345"를 입력합니다.
6. 친족 유형을 "상위성"으로 설정합니다.
7. 상위성 유형에 "가법적 x 우성"을 지정합니다.
8. 가법적 유형에 "이배체 방법 1"을 지정합니다.
9. 우성 유형에 "이배체 방법 1"을 지정합니다.
10. 결측 표지자 대치법을 "랜덤"으로 설정합니다.
11. 주성분과 군집화 상자를 모두 선택된 상태로 둡니다.
12. 확인을 클릭합니다.
그림 5.5에 표시된 "표지자 근연성" 보고서가 생성됩니다.
그림 5.5 표지자 근연성 플랫폼의 예
이 예에서는 산점도 행렬에 단순 분포 대신 가법적 효과, 우성 효과, 두 효과의 상호 작용을 보여 주는 그림 행렬이 표시됩니다. 세 개의 분포는 가법적 효과 간의 상호 작용(왼쪽 위), 우성 효과 간의 상호 작용(가운데), 상위성 효과 간의 상호 작용(오른쪽 아래)을 각각 보여 줍니다. 나머지 블록은 세 개의 상호 작용 유형에 대해 각 쌍 간의 상관을 나타냅니다. 근연성 측도(가법적, 우성, 상위성) 사이에 강한 상관관계가 없다는 것은 각 측도가 표지자로부터 고유한 정보를 포착하고 있음을 나타내며, 이는 바람직한 현상입니다.
그림 5.6 주성분 분석
주성분 그림에서는 명확하게 분리된 개체 그룹을 확인할 수 없지만 군집 분석에서는 개체 그룹이 분리되어 있음을 보여 줍니다.
그림 5.7 군집 분석
그림 5.8과 같이 "이원 군집화" 옵션을 선택하면 더 명확하게 확인할 수 있습니다.
그림 5.8 표지자 근연성 플랫폼: 이원 군집화의 예
히트맵 그림은 서로 매우 밀접하게 관련된 개체 그룹(빨간색)이 있음을 보여 줍니다.