方差和方差比例模拟使用模拟均方项进行计算。均方项是由以相关的期望均方为尺度的卡方分布来模拟的。用矩量法估计量来计算模拟方差，然后用模拟方差来计算方差比例的置信限。
例如，考虑“部件”的方差。模拟计算按以下步骤执行：
1. 模拟部件的均方、涉及部件的每个双因子交互作用的均方，以及涉及部件的高阶交互作用的任何均方。
2. 使用包含-排除计算方差：
“部件”方差 =“部件”均方 - 双因子交互作用的均方 + 三因子交互作用的均方 -…+/- 最高阶交互作用的均方
3. 然后将“部件”的模拟方差比例计算为“部件方差/总方差”。
注意：只有均方项的分布是直接就知道的。具体而言，均方 = 卡方分布(自由度)*期望均方。根据模拟值近似方差和方差比例的分布。因此，每次更新方差项或每次运行平台时，置信限都可能有所不同。