启动“标记统计量”平台

要计算您的实验数据的标记统计量，通过选择分析 > 遗传学 >标记统计量启动“标记统计量”平台。

图 3.3 “标记统计量”启动窗口 

有关“选择列”红色小三角菜单中选项的信息，请参见《使用 JMP》中的“Column Filter Menu”。

标记

选择所需的标记列，然后点击标记指定要分析的标记。

交互标记

选择所需的标记列，然后点击交互标记以指定要在与上面的“标记”中指定的标记进行的两两连锁不平衡比较中使用的标记。

分组

单独分析指定给指定列的每个水平的行。所有结果会显示在单个表和报表中。

依据

为“依据”变量的每个水平生成单独报表。若指定了多个“依据”变量，将为“依据”变量水平的每种可能组合生成单独的报表。

倍性

允许您指定所研究的实验生物体的倍性水平。

标记格式

使用该选项指定用于评估样本（行）之间关系的测量值的类型。

这一新的标记格式选项支持用户将非数值标记列用作输入。一旦平台使用非数值标记列运行，它就会对这些原位上的列重新编码，并返回一个更新的数据表，其中的非数值列被重新编码为数值列。这个包含数值标记列的新数据表现在可用于需要数值标记列的其他“遗传学”平台以及任何其他需要数值列的 JMP 平台。

• 当标记以数值格式编码时，选择数值。通常，在这种格式中，最不常见或次要等位基因的两倍体个体纯合在表中用 2 表示，而杂合子用 1 表示。最常见的等位基因的纯合子用 0 表示。对于多倍体样本，列中的基因型应该为 0、1、2、…、p（其中 p = 倍性数）。

• 当二倍体样本编码为 A、B 或 H（A= AA，B= BB，H=AB）时，选择单字符。

• 当 p 倍体样本编码为 ApBp 时，其中 p= 倍体数（例如 AABB 代表四倍体样本），选择字符。

• 当二倍体样本根据 IUPAC 代码（A、C、G、T、R、Y、S、W、K、M、+、0、-、N）编码时，选择单码核苷酸。

• 当二倍体样本使用两个字母（AA、CC、GG、TT、AC、AG 等）编码时，选择核苷酸。

使用注解表

允许您访问在单独的数据表中包含的注解信息。您点击确定之后，会出现一个窗口，提示您指定注解表的名称和位置。

启动时创建 p 值表

为关联的估计标记统计量的 p 值创建一个数据表。该数据表链接至“标记统计量”报表中的“结果表”。

非线程

不启用多线程。取消选择该选项可提高计算速度。

“标记统计量”平台所需的数据格式

JMP 中的大多数过程认定输入表具有特定的数据结构。JMP 区分高型和宽型数据集。高型数据表以样本作为列，分子实体（例如，标记、基因、克隆、蛋白质或代谢物）作为行，而宽型数据表是高型数据表的转置，以样本作为行，分子实体作为列。

为过程指定输入数据集时，了解所需的格式十分重要。“标记统计量”需要宽型数据表。使用“表”菜单中的转置选项将您的数据表在高型和宽型格式之间转换。