该过程计算各种单个遗传标记的测量，例如多态信息含量、等位基因多样性、杂合度、次要等位基因频率、等位基因和基因型的频率以及 Hardy-Weinberg 平衡 (HWE) 检验。它还计算各种连锁不平衡性的测度，以及标记对之间的连锁不平衡的总体检验。