“标记亲缘”平台的另一个示例

了解如何计算标记交互作用中的亲缘。

1. 选择帮助 > 样本数据文件夹，然后依次打开 Life Sciences 和 Genotypes Pedigree.jmp。

2. 选择分析 > 生命科学 > 标记亲缘。

3. 选择 Markers (60/0) 并点击标记。

4. 为倍性键入 2。

5. 为设置随机种子键入 12345。

6. 将亲缘关系类型设置为“上位性”。

7. 为上位性类型指定“显性 - 加性”。

8. 为加性类型指定“二倍体方法 1”。

9. 为显性类型指定“二倍体方法 1”。

10. 将缺失标记插补方法设置为“随机”。

11. 保留主成分和聚类框处于选中状态。

12. 点击确定。

随即生成“标记亲缘”报表，如图 5.5 所示。

图 5.5 “标记亲缘”平台的示例 

在本例中，散点图矩阵不是简单的分布，而是加性效应、显性效应及这两者的交互作用的矩阵图。这三种分布显示了加性效应与自身的交互作用（左上）、显性效应与自身的交互作用（中央）以及上位效应与自身的交互作用（右下）。其余的方块表示三种类型的交互作用中的每一对之间的相关性。亲缘测度（加性、显性和上位性）之间缺乏强相关性，这表明每个测度都从标记中捕获了不同的信息，这是可取的。

图 5.6 主成分分析 

主成分图虽未显示个体存在明显分离的群体，但聚类分析确实显示存在个体群体的分离。

图 5.7 聚类分析 

当启用“双向聚类”时，可以更清晰地看到这种分离，如图 5.8 所示。

图 5.8 “标记亲缘”平台的示例：双向聚类 

该热图显示了个体群体（以红色标出）存在的证据，这些个体彼此间显然高度相关。

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