标记亲缘的示例

了解如何从基因数据模拟遗传杂交。

1. 选择帮助 > 样本数据文件夹，先打开 Life Sciences，然后打开 Genotypes Pedigree.jmp 和 Genotypes Pedigree Anno.jmp。

2. 点击 Genotypes Pedigree.jmp 表。

3. 选择分析 > 生命科学 > 标记亲缘。

4. 选择 Markers (60/0) 并点击标记。

5. 选择性别并点击依据。

6. 为倍性键入 2。

7. 为设置随机种子键入 12345。

8. 将亲缘关系类型设置为“加性”。

9. 为加性类型指定“二倍体方法 1”。

10. 将缺失标记插补方法设置为“随机”。

11. 保留主成分和聚类框处于选中状态。

12. 点击确定。

随即生成“标记亲缘”报表，如图 5.2 所示。

图 5.2 标记的亲缘 

“标记亲缘”报表针对每个性别（男性和女性）各运行一次，并包含每个性别的以下信息。仅显示了一个性别的结果。

• “对话框选项汇总”汇总在平台上所做的选择以及运行模拟所花费的时间。

• “散点图矩阵”显示直方图（在估计上位性时还显示相关性图）。向右（高值）偏斜的直方图指示大多数个体具有较强的遗传相似性。向左（低值）偏斜的直方图指示大多数个体具有较弱的遗传相似性。

• “主成分图”显示个体的聚类按照其亲缘进行分组。在显示的示例中，样本似乎没有形成明确的分组。

• “聚类图”是查看相关个体分组的另一种方式。点击“聚类”红色小三角并选择双向聚类可生成个体间关系估计值的热图（如图 5.3 所示），这对于以图形方式直观演示所有个体对之间的估计值范围非常有用。

图 5.3  

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