「マーカーの統計量」プラットフォームの別例

次のような手順で、遺伝子データから連鎖（linkage）に関する統計量を計算してみましょう。

1. ［ヘルプ］>［サンプルデータフォルダ］>「Life Sciences」を選択し、「Genotypes Pedigree.jmp」と「Genotypes Pedigree Anno.jmp」を開きます。

2. ［分析］>［遺伝学］>［マーカーの統計量］を選択します。

3. 「Markers」の開閉アイコンをクリックしてマーカーの列を表示します。

4. 最初の10個のマーカー列を選択し、［マーカー］をクリックします。

5. 同じ10個のマーカーを選択し、［with マーカー］をクリックします。

6. ［注釈のデータテーブルを使用］チェックボックスをオンにします。

7. ［OK］をクリックします。

8. 「注釈のデータテーブルを選択」ウィンドウで、「Genotypes Pedigree Anno.jmp」データテーブルを選択します。

9. 「注釈の指定」ウィンドウで、「マーカー」列を選択し、［マーカー変数］をクリックします。

10. 「遺伝子」列を選択し、［注釈 グループ］をクリックします。

11. 「物理位置」列を選択し、［注釈 位置］をクリックします。

12. ［OK］をクリックします。

図3.4 連鎖不平衡の分析 

「結果の表」に表示される各マーカーペアの値は、連鎖不平衡の強度を示しています。「LD減衰プロット」では、一般的には、連鎖不平衡は、マーカー間の距離が長くなるにつれて指数関数的に弱まっていきます。

より詳細な情報が必要な場合や、質問があるときは、JMPユーザーコミュニティで答えを見つけましょう (community.jmp.com).