遺伝学
『遺伝学』では、遺伝データを解析するプラットフォームと、育種計画をシミュレートして最適な交配の予測するプラットフォームをご紹介します。
• 「マーカーの統計量」プラットフォームは、2 アレルマーカーの分布を調べるためのプラットフォームです。また、このプラットフォームでは、データの品質管理(QC)の目的で、分析から除外するマーカーを選んだりもできます。マーカーの統計量を参照してください。
• 「マーカーのシミュレーション」プラットフォームは、2アレルマーカー、および、そのマーカーから予測される形質の予測式に基づいて、データテーブルに保存された交配集団からシミュレーションで子孫のデータを生成します。これらマーカーおよび形質の予測式は、データに保存しておく必要があります。予測式は、「応答のスクリーニング」プラットフォーム(予測モデルおよび発展的なモデルの“Response Screening”を参照)などで作成できます。さまざまな交配をテストして、望ましい形質の組み合わせを持つ子孫がどの交配から生まれているかを推定できます。マーカーのシミュレーションを参照してください。
• 「マーカーの関係性」プラットフォームは、遺伝子マーカーのデータから、個体間の遺伝的関係性(genetic relatedness)を求めます。このプラットフォームは、n行 × n列(n = データテーブルの個体の数)のゲノム関係行列(genomic relationship matrix)を作成します。作成されたゲノム関係行列は、「モデルのあてはめ」プラットフォームの[応答のスクリーニング]手法において、GBLUPモデルをあてはめる際に利用できます。また、ゲノム関係行列に対して主成分分析やクラスター分析などを行うことで、関係が近い個体のクラスターを見つけ出すこともできます。マーカーの関係性を参照してください。