デフォルトでは、「計画の評価」レポートの「交絡項」セクションには「モデル」セクションに含まれていない2次交互作用効果がすべて含まれます（ブロック因子に関連する項を除く）。項は、ボタンを使って追加または削除できます。ボタンを使って「交絡項」に効果を追加する方法については、モデルを参照してください。変更に応じて「交絡行列」が更新されます。
仮定したモデルには含めなかった効果が、実際には応答に影響している状況もありえます。「交絡項」セクションには、仮定したモデルには含まれていないものの、モデル項の推定値にバイアス（偏り）を与えている可能性がある効果を指定します。交絡行列（alias matrix）は、「交絡項」セクションで指定した効果が、パラメータ推定値のバイアス（偏り）に与える大きさを示したものです。交絡行列を参照してください。
メモ: 「計画の評価」プラットフォームでは、同プラットフォームを起動した後に、「交絡項」セクションにて交絡項を設定できます。また、「カスタム計画」プラットフォームでも、計画を作成する前に「交絡項」セクションにおいて交絡項を指定できます。「計画の評価」と「カスタム計画」以外の「実験計画(DOE)」プラットフォームには、「交絡項」セクションがありません。しかし、計画を作成した後ならば、「計画の評価」プラットフォームを使えば交絡行列を求めることができます。