「マーカーの補完」の例

遺伝子マーカーデータにある欠測値を補完する方法を紹介します。

1. ［ヘルプ］>［サンプルデータフォルダ］を選択し、「Life Sciences」を開いてから、「Genotypes Pedigree.jmp」を開きます。

この例でも、Genotypes Pedigree.jmpサンプルデータテーブルを用いますが、このデータには欠測値含まれていません。そこで、データテーブルの最初の14列（CG1SNP1からCG1SMP30列）において、約17個のデータを欠測値にしました。これらのセルはランダムに選択され、欠測値に変換されました。この処理によって、該当のセルはすべて欠測値（•）になっています。このデータテーブルは、GENOTYPES pedigree_MissingData.jmp という名前に変えて保存しました。欠測値となっていいるセルは、欠測値記号（•）で表されており、図では丸で囲まれています。

図7.2 欠測値を含むJMPテーブル、Genotypes Pedigree_MissingData.jmp 

2. ［分析］>［ライフサイエンス］>［マーカーの補完］を選択します。

3. 「Markers」列グループの列をすべて選択して、［マーカー］をクリックします。

4. ［OK］をクリックします。

プラットフォームは欠測値を評価し、選択された補完方法に応じて、欠落している遺伝子型データを補完し、補完された遺伝子型を以下の表に示すように、表の空欄に追加します。

図7.3 欠測値が補完されたデータテーブル 

欠測値が補完された後の図において、欠測値だったセルは丸で囲まれています。