マーカーの補完

「マーカーの補完」プラットフォームは、連鎖不平衡K近傍補完法（LD-kNNi; linkage disequilibrium k-nearest neighbor imputation）などによって、二倍体（K=2）や多倍体（K>2）生物におけるマーカー遺伝子型データ（0, 1, ..., K）の欠測値を補完します。連鎖不平衡K近傍補完法では、まず、マーカー遺伝子型の一部が欠測値になっているマーカーについて、他のすべてのマーカーとの距離（Pearsonの相関係数）が計算され、そのマーカーと近い距離になっているマーカーが選択されます。次に、それぞれ選択されたマーカーを使用して、マーカー遺伝子型に欠測値がある個体（サンプル）について、他のすべての個体との距離（マンハッタン距離）が計算されます。最後に、距離が近い個体とマーカーをに基づき、欠測値が補完されます（Money et al., 2015を参照）。

メモ: 「マーカーの補完」プラットフォームは、JMP Proでのみ使用できます。

図7.1 欠測値がある遺伝子マーカーデータの分析例 

目次

「マーカーの補完」の例

「マーカーの補完」プラットフォームの起動

データ形式

「マーカーの補完」レポート

「欠測値に関する情報」表

欠測マーカープロット