표지자 근연성 플랫폼의 추가 예
표지자의 상호 작용에서 근연성을 계산하는 방법을 알아봅니다.
1. 도움말 > 샘플 데이터 폴더 > Life Sciences를 선택하고 Genotypes Pedigree.jmp를 엽니다.
2. 분석 > 유전학 > 표지자 근연성을 선택합니다.
3. Markers(60/0)를 선택하고 표지자를 클릭합니다.
4. 배수성에 "2"를 입력합니다.
5. 난수 시드값 설정에 "12345"를 입력합니다.
6. 친족 유형을 "상위성"으로 설정합니다.
7. 상위성 유형에 "상가적 x 우성"을 지정합니다.
8. 상가적 유형에 "이배체 방법 1"을 지정합니다.
9. 우성 유형에 "이배체 방법 1"을 지정합니다.
10. 결측 표지자 대치법을 "랜덤"으로 설정합니다.
11. 주성분과 군집화 상자를 모두 선택된 상태로 둡니다.
12. 확인을 클릭합니다.
그림 5.4에 표시된 "표지자 근연성" 보고서가 생성됩니다.
그림 5.4 표지자 근연성 플랫폼의 예
이 예에서는 산점도 행렬에 단순 분포 대신 상가적 효과, 우성 효과, 두 효과의 상호 작용을 보여 주는 그림 행렬이 표시됩니다. 세 개의 분포는 상가적 효과 간의 상호 작용(왼쪽 위), 우성 효과 간의 상호 작용(가운데), 상위성 효과 간의 상호 작용(오른쪽 아래)을 각각 보여 줍니다. 나머지 블록은 세 개의 상호 작용 유형에 대해 각 쌍 간의 상관을 나타냅니다. 근연성 측도(상가적, 우성, 상위성) 사이에 강한 상관관계가 없다는 것은 각 측도가 표지자로부터 고유한 정보를 포착하고 있음을 나타내며, 이는 바람직한 현상입니다. 또한 주성분 그림과 군집 분석 모두 근연성에 대한 강력한 증거를 보여 주지 않습니다.