화산(Volcano) 그림의 예
반응 변수 선별 플랫폼을 사용하여 네 가지 형질과 연관된 SNP를 확인합니다. SNP는 유전적 변이의 한 유형입니다. 화산(Volcano) 그림은 유형이 동일한 많은 가설 검정의 결과를 시각화하는 데 유용합니다. 이 경우 모든 반응과 변수가 연속형이므로 모든 검정이 단순 선형 회귀를 통해 수행됩니다.
1. 도움말 > 샘플 데이터 폴더 > Life Sciences를 선택하고 Genotypes Pedigree.jmp를 엽니다.
2. 분석 > 선별 > 반응 변수 선별을 선택합니다.
3. Trait1 ~ Trait4를 선택하고 Y, 반응을 클릭합니다.
4. Markers 열 그룹을 선택하고 X를 클릭합니다.
5. 공통 Y 척도 및 공통 X 척도를 선택합니다.
6. 확인을 클릭합니다.
7. "LogWorth 대 기울기" 탭을 선택합니다.
그림 24.17 LogWorth 대 기울기 그림
"LogWorth 대 기울기" 그림(화산 그림이라고도 함)에서 색상이 적용된 점은 False Discovery Rate를 제어하는 동시에 0.01 수준에서 유의한 검정을 나타냅니다. 이 예에서는 그림에 빨간색 점만 있습니다. 이는 단순 선형 회귀에서 유의한 모든 X 변수의 기울기가 양수임을 의미합니다. 따라서 형질과 유의하게 연관된 모든 SNP의 경우 SNP 값이 클수록 Trait 값이 더 큽니다. "결과 테이블"에는 개별 검정의 결과가 표시되며 가장 유의한 검정이 맨 위에 나옵니다. 모든 상위 검정에는 Trait 1과 Trait 2가 포함됩니다. 즉, 이 SNP 집합은 다른 두 형질보다 Trait 1 및 Trait 2와 더 높은 연관성이 있다는 결론을 내릴 수 있습니다.