표지자 근연성의 예
유전자 데이터로 유전자 교배를 시뮬레이션하는 방법을 알아봅니다.
1. 도움말 > 샘플 데이터 폴더 > Life Sciences를 선택하고 Genotypes Pedigree.jmp 및 Genotypes Pedigree Anno.jmp를 엽니다.
2. Genotypes Pedigree.jmp 테이블을 클릭합니다.
3. 분석 > 유전학 > 표지자 근연성을 선택합니다.
4. Markers(60/0)를 선택하고 표지자를 클릭합니다.
5. Sex를 선택하고 기준을 클릭합니다.
6. 배수성에 "2"를 입력합니다.
7. 난수 시드값 설정에 "12345"를 입력합니다.
8. 친족 유형을 "상가적"으로 설정합니다.
9. 상가적 유형에 "이배체 방법 1"을 지정합니다.
10. 결측 표지자 대치법을 "랜덤"으로 설정합니다.
11. 주성분과 군집화 상자를 모두 선택된 상태로 둡니다.
12. 확인을 클릭합니다.
그림 5.1에 표시된 "표지자 근연성" 보고서가 생성됩니다.
그림 5.2 표지자 근연성
표지자 근연성 보고서는 각 성별(M, F)에 대해 한 번씩 실행되었으며 각 성별에 대한 다음 정보를 포함합니다. 여기서는 한 성별에 대한 결과만 표시됩니다.
• "대화상자 옵션 요약"에는 플랫폼에서 선택한 항목과 시뮬레이션을 실행하는 데 걸린 시간이 요약되어 있습니다.
• "산점도 행렬"에는 히스토그램이 표시되며 상위성을 추정하는 경우 상관 그림이 표시됩니다. 히스토그램이 오른쪽(높은 값)으로 편중되어 있으면 대부분의 개체가 유전적으로 강한 유사성을 가지고 있음을 나타냅니다. 반대로 히스토그램이 왼쪽(낮은 값)으로 편중되어 있으면 대부분의 개체가 유전적으로 강한 유사성이 없음을 나타냅니다.
• 주성분 그림에는 근연성에 따라 그룹화된 개체 군집이 표시됩니다. 여기에 나오는 예에서는 표본이 뚜렷한 그룹을 형성하지 않는 것으로 보입니다.
• 군집화 그림은 관련된 개체의 그룹을 볼 수 있는 또 다른 방법입니다. 빨간색 삼각형에서 "이원 군집화" 옵션을 클릭하면 개체 간의 관계 추정값이 포함된 히트맵이 생성됩니다. 이는 모든 개체 쌍 간의 추정값 범위를 그래픽으로 시각화하는 데 매우 유용합니다.