표지자 근연성 플랫폼 시작

데이터 테이블에서 개체 쌍 간의 유전 관계를 보여 주는 정방 행렬을 추정하려면 분석 > 유전학 > 표지자 근연성을 선택하여 표지자 근연성 플랫폼을 시작합니다.

그림 5.3 표지자 근연성 시작 창 

표지자

원하는 표지자 열을 선택하고 표지자를 클릭하여 분석할 표지자를 지정합니다.

표본 ID

각 행에 대한 고유 식별자를 제공할 수 있는 값을 가진 한 변수를 지정하려면 이 옵션을 사용합니다.

참고: 변수는 하나만 허용됩니다.

기준

기준 변수의 각 수준에 대해 개별 보고서를 생성합니다. 기준 변수가 둘 이상 할당되면 기준 변수의 가능한 각 수준 조합에 대해 개별 보고서가 생성됩니다.

배수성

연구 중인 실험 생물체의 배수성 수준을 지정할 수 있습니다. 이 값은 짝수여야 합니다.

난수 시드값 설정

난수 스트림을 시작할 음수가 아닌 정수를 지정하려면 이 옵션을 사용합니다. 값에 따라 알고리즘 결과가 달라집니다.

친족 유형

표본(행) 간의 관계를 평가하는 데 사용할 측정값 유형을 지정하려면 이 옵션을 사용합니다.

• 표지자 ID가 개체 근연성에 미치는 영향을 조사하려면 상태별 동일성을 선택합니다.

• 개체 근연성에 대한 상가적 표지자 효과를 조사하려면 상가적을 선택합니다.

• 개체 근연성에 대한 표지자 우성 효과를 조사하려면 우성을 선택합니다.

• 표지자 상호 작용이 개체 근연성에 미치는 영향을 조사하려면 상위성을 선택합니다.

상가적 유형

평가할 방법을 지정하려면 이 옵션을 개체 근연성에 대한 상가적 표지자 효과를 사용합니다.

• Van Raden 1차 방법(Van Raden, et al., 2008)을 사용하여 관계 행렬을 계산하려면 이배체 방법 1을 선택합니다. 참조 자료: P.M. Van Raden, "Efficient Methods to Compute Genomic Predictions". J.Dairy Sci. 91:4414-4423, 2008

• Van Raden 2차 방법(Van Raden, et al., 2008)을 사용하려면 이배체 방법 2를 선택합니다. 참조 자료: P.M. VanRaden, "Efficient Methods to Compute Genomic Predictions". J.Dairy Sci. 91:4414-4423, 2008

• Batista 방법(Batista et al. 2022)을 사용하려면 배수체를 선택합니다. 이 방법은 배수성 및 대립유전자 용량(dosage)의 추정값을 사용하여 상가적 효과의 공분산 행렬을 생성합니다. 참조 자료: Batista, L.G., Mello, V.H., Souza, A.P. et al. Genomic prediction with allele dosage information in highly polyploid species. Theor Appl Genet 135, 723–739 (2022). (https://doi.org/10.1007/s00122-021-03994-w)

참고: 이 옵션은 친족 유형을 상가적으로 선택한 경우 또는 친족 유형을 상위성으로 선택하고 상위성 유형을 상가적 x 상가적 또는 상가적 x 우성으로 선택한 경우에만 사용할 수 있습니다.

우성 유형

평가할 방법을 지정하려면 이 옵션을 개체 근연성에 대한 표지자 우성 효과를 사용합니다.

• Su 방법(Su, et al. 2012)을 사용하려면 이배체 방법 1을 선택합니다. 참조 자료: Su G, Christensen OF, Ostersen T, Henryon M, Lund MS. Estimating additive and non-additive genetic variances and predicting genetic merits using genome-wide dense single nucleotide polymorphism markers. PLoS One. 2012;7(9):e45293. doi: 10.1371/journal.pone.0045293. Epub 2012 Sep 13. PMID: 23028912; PMCID: PMC3441703

• Vitezica 방법(Vitezica, et al. 2012)을 사용하려면 이배체 방법 2를 선택합니다. 이 방법은 개체 간의 우성 유전체 관계 행렬을 사용합니다. 이 행렬을 혼합 모형 컨텍스트에서 사용하여 모집단의 우성 분산을 추정할 수 있습니다. 참조 자료: Zulma G Vitezica, Luis Varona, Andres Legarra. 2013. On the Additive and Dominant Variance and Covariance of Individuals Within the Genomic Selection Scope, Genetics 195: 1223–1230. (https://doi.org/10.1534/genetics.113.155176)

• Batista 방법(Batista et al. 2022)을 사용하려면 배수체를 선택합니다. 이 방법은 배수성 및 대립유전자 용량(dosage)의 추정값을 사용하여 우성 효과의 공분산 행렬을 생성합니다. 참조 자료: Batista, L.G., Mello, V.H., Souza, A.P. et al. Genomic prediction with allele dosage information in highly polyploid species. Theor Appl Genet 135, 723–739 (2022). (https://doi.org/10.1007/s00122-021-03994-w)

참고: 이 옵션은 친족 유형을 우성으로 선택한 경우 또는 친족 유형을 상위성으로 선택하고 상위성 유형을 상가적 x 우성 또는 우성 x 우성으로 선택한 경우에만 사용할 수 있습니다.

상위성 유형

평가할 방법을 지정하려면 이 옵션을 표지자 상호 작용이 개체 근연성에 미치는 영향을 사용합니다.

• 대화상자에 지정된 상가적 유형 간의 상호 작용을 계산하려면 상가적 x 상가적을 선택합니다. 예를 들어 상가적 유형을 방법 1로 설정하면 이 관계 유형과 자신 간의 상호 작용을 계산합니다.

• 대화상자에 지정된 상가적 유형과 우성 유형 간의 상호 작용을 계산하려면 상가적 x 우성을 선택합니다. 예를 들어 상가적 유형을 방법 1로 설정하고 우성 유형을 방법 1로 설정하면 이 두 관계 유형 간의 상호 작용을 계산합니다.

• 대화상자에 지정된 우성 유형 간의 상호 작용을 계산하려면 우성 x 우성을 선택합니다. 예를 들어 우성 유형을 방법 1로 설정하면 이 관계 유형과 자신 간의 상호 작용을 계산합니다.

참고: 이 옵션은 친족 유형을 상위성으로 선택한 경우에만 사용할 수 있습니다.

결측 표지자 대치법

표지자 데이터가 결측이면 이 플랫폼이 실행되지 않습니다. 이 때문에 모든 결측 데이터가 대치되어야 합니다. 이 옵션을 사용하여 결측값 대치 방법을 지정할 수 있습니다.

– 각 유전자형 클래스의 빈도가 데이터에서 관측된 빈도로 설정되는 다항 분포에서 무작위 추출을 통해 결측 유전자형을 대치하려면 HWE 해제를 선택합니다.

– 각 유전자형 클래스의 빈도가 Hardy-Weinberg 평형을 가정했을 때의 기대 빈도로 설정되는 다항 분포에서 무작위 추출을 통해 결측 유전자형을 대치하려면 HWE 설정을 선택합니다.

– 허용되는 값(0, 1, 2, ..., K) 중 하나를 무작위로 할당하려면 랜덤을 선택합니다. 이때 K는 배수성 수준입니다.

– 0과 배수성 값 사이의 지정된 정수로 결측 유전자형을 대치하려면 지정됨을 선택합니다.

결측값 대치 값

결측 표지자 대치법에서 "지정됨" 옵션을 선택할 경우 텍스트 상자에 0과 배수성 값 사이의 값을 지정합니다.

여기에 나열된 값은 이배체 생물을 가정합니다. 배수성이 더 높은 생물체의 경우 그에 따라 값을 조정하십시오.

주성분

정방 행렬의 주성분을 계산하고 그림에 표시하려면 이 상자를 선택합니다.

군집화

표지자 근연성을 기준으로 개체를 군집화하려면 이 상자를 선택합니다.

언스레드

멀티스레딩을 제한합니다. 계산 속도를 높이려면 이 옵션을 선택 취소합니다.

표지자 근연성 플랫폼에 필요한 데이터 형식

대부분의 JMP 프로세스는 입력 테이블에 특정 데이터 구조가 있다고 가정합니다. JMP는 세로형 데이터 집합과 가로형 데이터 집합을 구분합니다. 세로형 데이터 테이블은 열에 표본이 있고 행에 분자 본체(예: 표지자, 유전자, 클론, 단백질 또는 대사물질)가 있는 반면, 가로형 데이터 테이블은 세로형 데이터 테이블을 전치하여 행에 표본이 있고 열에 분자 본체가 있습니다.

프로세스를 위한 입력 데이터 집합을 지정할 때 필요한 형식을 알고 있어야 합니다. 표지자 근연성에는 가로형 데이터 테이블이 필요합니다. "테이블" 메뉴의 "전치" 옵션을 사용하면 데이터 테이블을 세로형과 가로형 간에 변환할 수 있습니다.

표지자 데이터는 한 열에 숫자 형식으로 인코딩되어야 합니다. 일반적으로 이 형식을 사용하면 가장 흔하지 않은 대립유전자(마이너 대립유전자)에 대한 동형접합 이배체 개체는 테이블에서 2로 표시되고, 이형접합체는 1로 표시됩니다. 가장 흔한 대립유전자에 대한 동형접합체는 0으로 표시됩니다.