JMPプロジェクトは、分析に使用する一連のファイルを整理するための有効な手段です。JMPファイル（レポート・データテーブル・スクリプト・ジャーナルなど）だけでなく、Microsoft PowerPointファイルやAdobe PDFファイルといった外部アプリケーションのファイルも追加できます。分析を実行すると、グラフやレポートがそれぞれプロジェクトのタブに表示されます。プロジェクトには、複数のレポートやグラフを表示できます。また、ログを表示したり、プロジェクトの中でスクリプトを実行したりすることも可能です。レポートやグラフは、データテーブルとリンクしています。
プロジェクトを使えば、JMPウィンドウが重なったり隠れたりしてしまうことを避けられます。プロジェクトを大きく表示するには、プロジェクトウィンドウを最大化します。また、プロジェクトを保存すると、プロジェクトの状態も保存されます（たとえば、開いているレポート、ウィンドウのレイアウトなど）。