多変量埋め込みの別例

この例では、多変量埋め込みの例と同じデータセットを使用し、データを2次元ではなく3次元に削減します。また、UMAPとt-SNEの結果も比較します。

1. ［ヘルプ］>［サンプルデータフォルダ］を選択し、「Cytometry.jmp」を開きます。

2. ［分析］>［多変量］>［多変量埋め込み］を選択します。

3. 「CD3」から「MCB」まで選択し、［Y, 列］をクリックします。

4. 「手法」として［t-SNE］を割り当てます。

5. 「次元削減後の次元」に「3」と入力します。

6. （オプション）「乱数シード値」に「1234」と入力します。

メモ: 上記のシード値を入力すると、この例で示す結果を再現できるようになります。

7. ［ダイアログを開いたままにする］を選択します。

8. ［OK］をクリックします。

図11.4 3次元のt-SNEプロットの例 

9. 起動ウィンドウで、「手法」を「UMAP」に変更します。

10. ［OK］をクリックします。

図11.5 3次元のUMAPプロットの例 

それぞれの3次元プロットは、対応する次元の削減方法の最初の3つの組み込み成分の座標を示しています。UMAP法とt-SNE法を比較すると、UMAP法の方が、計算時間が短く、かつ、データのグループ分けがより明確でした。Figure 11.4の3次元のt-SNEプロットに比べ、3次元のUMAPプロットでは、クラスターがより明確になっています。

ヒント: グリッドを回転すると、はっきりと分かれているクラスターの様子を見ることができます。

より詳細な情報が必要な場合や、質問があるときは、JMPユーザーコミュニティで答えを見つけましょう (community.jmp.com).