「マーカーの関係性」プラットフォームの別例
マーカーの交互作用を調べるためのゲノム関係行列を求める計算方法を説明します。
1. ［ヘルプ］>［サンプルデータフォルダ］>［Life Sciences］を選択し、「Genotypes Pedigree.jmp」を開きます。
2. ［分析］>［遺伝学］>［マーカーの関係性］を選択します。
3. 「Markers (60/0)」を選択し、［マーカー］をクリックします。
4. 「倍数性」に「2」と入力します。
5. 「乱数シード値」に「12345」と入力します。
6. 「ゲノム関係性の種類」を［エピスタシス］に設定します。
7. 「エピスタシス的関係の種類」に［顕性×相加性］を指定します。
8. 「相加的関係の種類」に［二倍体法1］を指定します。
9. 「顕性的関係の種類」に［二倍体法1］を指定します。
10. 「欠測マーカーの補完法」を［ランダム］に設定します。
11. 「主成分分析」と「クラスター分析」の両方のボックスをチェックしたままにします。
12. ［OK］をクリックします。
「マーカーの関係性」レポートが図5.4のように生成されます。
図5.4 「マーカーの関係性」プラットフォームの例
この例では、一変量の分布だけのヒストグラムではなく、散布図行列が表示されています。このプロットには、相加的効果（additive effect）同士・顕性効果（dominance effect）同士、それら2つ（エピスタシス効果同士）について、交互作用を示したものです。す。対角線上における3つのヒストグラムは、相加的効果同士の交互作用（左上）、顕性効果同士の交互作用（中央）、エピスタシス効果同士の交互作用（右下）を示しています。非対角要素の散布図は、それら3種類の交互作用について各ペア間の相関を表したものです。相加性・顕性・エピスタシスの各関係性指標に強い相関がないことは、1つ1つの指標がマーカーから、その指標に固有の情報を独立して得ていることを示しており、これは望ましいことです。なお、主成分分析やクラスター分析では、個体の分布を視覚的に見ることができます。