Hardy-Weinberg平衡プロットは、各マーカーがどれだけ平衡状態に近いかを示します。x軸上には、列番号がプロットされます。この列番号は、分析対象のJMPデータテーブルにおける、列に対する通し番号です。y軸には、各マーカーのFDR対数価値と対数価値がプロットされます。参照線より点が上にある場合、マーカーが平衡状態にないことを示唆しています。参照線から上に点が離れているほど、該当のマーカーが平衡状態にないことを示す証拠が強いです。