LD減衰プロットは、y軸上にLD相関係数、x軸上に2マーカー間の距離をプロットしたもので、連鎖不平衡（LD; linkage disequilibrium）のパターンの理解に役立ちます。一般に連鎖不平衡は、マーカー間の距離が長くなるにつれて指数関数的に弱まります。