표지자 통계량 플랫폼 시작

실험 데이터에 대한 표지자 통계량을 계산하려면 분석 > 유전학 > 표지자 통계량을 선택하여 표지자 통계량 플랫폼을 시작합니다.

그림 3.3 표지자 통계량 시작 창 

"열 선택"의 빨간색 삼각형 메뉴에 포함된 옵션에 대한 자세한 내용은 JMP 사용의 열 필터 메뉴에서 확인하십시오.

표지자

원하는 표지자 열을 선택하고 표지자를 클릭하여 분석할 표지자를 지정합니다.

연계 표지자

원하는 표지자 열을 선택하고 연계 표지자를 클릭하여 위의 "표지자"에 지정된 표지자와 쌍별 연관비평형 비교에 사용할 표지자를 지정합니다.

그룹화

지정된 열의 각 수준에 할당된 행을 개별적으로 분석합니다. 모든 결과는 단일 테이블과 보고서에 제공됩니다.

기준

기준 변수의 각 수준에 대해 개별 보고서를 생성합니다. 기준 변수가 둘 이상 할당되면 기준 변수의 가능한 각 수준 조합에 대해 개별 보고서가 생성됩니다.

배수성

연구 중인 실험 생물체의 배수성 수준을 지정할 수 있습니다.

표지자 형식

표본(행) 간의 관계를 평가하는 데 사용할 측정값 유형을 지정하려면 이 옵션을 사용합니다.

새로 추가된 이 표지자 형식 옵션을 사용하면 숫자가 아닌 표지자 열을 입력으로 사용할 수 있습니다. 숫자가 아닌 표지자 열을 사용하여 플랫폼이 실행되면 이러한 열을 제자리에서 재코딩하고, 숫자가 아닌 열을 숫자로 재코딩한 업데이트된 데이터 테이블을 반환합니다. 이제 숫자 표지자 열이 포함된 새 데이터 테이블을 숫자 표지자 열이 필요한 다른 유전학 플랫폼은 물론 숫자 열이 필요한 다른 모든 JMP 플랫폼에서 사용할 수 있습니다.

• 표지자가 숫자 형식으로 인코딩되는 경우 숫자를 선택합니다. 일반적으로 이 형식을 사용하면 가장 흔하지 않은 대립유전자(마이너 대립유전자)에 대한 동형접합 이배체 개체는 테이블에서 2로 표시되고, 이형접합체는 1로 표시됩니다. 가장 흔한 대립유전자에 대한 동형접합체는 0으로 표시됩니다. 배수체 표본의 경우 열의 유전자형은 0,1,2, …,p로 예상됩니다(p = 배수성 값).

• 이배체 표본이 A, B 또는 H로 코딩되는 경우 단일 문자를 선택합니다(A= AA, B= BB, H=AB).

• p-배수성 표본이 ApBp로 코딩되는 경우 문자를 선택합니다(p = 배수성 값). 예를 들어 4배체 표본의 경우 AABB입니다.

• 이배체 표본이 IUPAC 코드(A,C,G,T,R,Y,S,W,K,M,+,0,-,N)에 따라 코딩되는 경우 단일 코드 핵산을 선택합니다.

• 이배체 표본이 두 개의 문자(AA, CC, GG, TT, AC, AG 등)로 코딩되는 경우 핵산을 선택합니다.

주석 테이블 사용

별도의 데이터 테이블에 포함된 주석 정보에 액세스할 수 있습니다. 확인을 클릭하면 주석 테이블의 이름과 위치를 지정하라는 창이 나타납니다.

시작 시 p 값 테이블

연관된 추정 표지자 통계량의 p 값에 대한 데이터 테이블을 생성합니다. 이 데이터 테이블은 "표지자 통계량" 보고서의 "결과 테이블"에 연결됩니다.

언스레드

멀티스레딩을 제한합니다. 계산 속도를 높이려면 이 옵션을 선택 취소합니다.

표지자 통계량 플랫폼에 필요한 데이터 형식

대부분의 JMP 프로세스는 입력 테이블에 특정 데이터 구조가 있다고 가정합니다. JMP는 세로형 데이터 집합과 가로형 데이터 집합을 구분합니다. 세로형 데이터 테이블은 열에 표본이 있고 행에 분자 본체(예: 표지자, 유전자, 클론, 단백질 또는 대사물질)가 있는 반면, 가로형 데이터 테이블은 세로형 데이터 테이블을 전치하여 행에 표본이 있고 열에 분자 본체가 있습니다.

프로세스를 위한 입력 데이터 집합을 지정할 때 필요한 형식을 알고 있어야 합니다. 표지자 통계량에는 가로형 데이터 테이블이 필요합니다. "테이블" 메뉴의 전치 옵션을 사용하여 데이터 테이블을 세로형과 가로형 간에 변환할 수 있습니다.