결측 표지자 대치 플랫폼 시작
실험 데이터의 결측 표지자 유전자형을 대치하려면 분석 > 생명 과학 > 결측 표지자 대치를 선택하여 결측 표지자 대치 플랫폼을 시작합니다.
그림 7.4 결측 표지자 대치 시작 창
"열 선택"의 빨간색 삼각형 옵션에 대한 자세한 내용은 JMP 사용의 "Column Filter Menu"에서 확인하십시오.
표지자
원하는 표지자 열을 선택하고 표지자를 클릭하여 결측값을 대치할 표지자를 지정합니다.
기준
기준 변수의 각 수준에 대해 개별 보고서를 생성합니다. 기준 변수가 둘 이상 할당되면 기준 변수의 가능한 각 수준 조합에 대해 개별 보고서가 생성됩니다.
배수성
연구 중인 실험 생물체의 배수성 수준을 지정할 수 있습니다. 이 값은 반드시 짝수여야 함에 유의하십시오.
방법
이 옵션을 사용하여 결측 표지자 값의 대치 방법을 지정합니다.
– LD-kNNi(연관비편형 k 최근접 이웃 대치법) 방법을 사용하여 결측 유전자형을 대치하려면 LD-kNN을 선택합니다.
첫 번째 단계에서는 각 표지자 쌍 간의 쌍별 비교를 수행합니다. 표지자는 상관관계가 가장 높은 것부터 순서대로 정렬되며 x개의 최근접 표지자가 선택됩니다. 표지자 수(x)는 최근접 표지자 옵션에 입력한 값으로 지정됩니다. 각 표지자에 대해 이 절차가 수행됩니다. 두 번째 단계에서는 각 표본 쌍 간의 쌍별 비교를 수행합니다. 표본은 맨해튼(taxi cab) 거리를 사용하여 가장 가까운 것부터 순서대로 정렬되며 표본 수(k)는 "최근접 표본" 옵션에 입력한 값으로 지정됩니다. 각 결측 표본에 대해 가장 가까운 x개의 표지자와 가장 가까운 k개의 표본이 결정되고, 가장 가까운 표지자와 표본의 최빈값을 사용하여 결측값을 대체합니다. 결측 표지자는 가장 가까운 표지자와 표본의 최빈값을 사용하여 대치됩니다. 각 결측 표지자에 대해 이 과정이 반복됩니다.
– 각 유전자형 클래스의 빈도가 데이터에서 관측된 빈도로 설정되는 다항 분포에서 무작위 추출을 통해 결측 유전자형을 대치하려면 HWE 해제를 선택합니다.
– 각 유전자형 클래스의 빈도가 HWE(Hardy-Weinberg 평형)를 가정했을 때의 기대 빈도로 설정되는 다항 분포에서 무작위 추출을 통해 결측 유전자형을 대치하려면 HWE 설정을 선택합니다.
– 허용되는 값(0, 1, 2, ..., K) 중 하나를 무작위로 할당하려면 랜덤을 선택합니다. 이때 K는 배수성 수준입니다.
– 0과 배수성 값 사이의 지정된 정수로 결측 유전자형을 대치하려면 지정됨을 선택합니다.
최근접 표본
이 옵션을 사용하여 결측값 대치를 위한 최근접 표본 수를 지정합니다.
최근접 표지자
이 옵션을 사용하여 결측값 대치를 위한 최근접 표지자 수를 지정합니다.
난수 시드값 설정
난수 스트림을 시작할 음수가 아닌 정수를 지정하려면 이 옵션을 사용합니다. 값에 따라 알고리즘 결과가 달라집니다.
결측값 대치 값
이 옵션을 사용하여 결측값 기호가 포함된 셀에 삽입할 값을 지정합니다.
언스레드
멀티스레딩을 제한하려면 이 옵션을 사용합니다. 계산 속도를 높이려면 이 옵션을 선택 취소합니다.
데이터 형식
대부분의 JMP 프로세스는 입력 테이블에 특정 데이터 구조가 있다고 가정합니다. JMP는 세로형 데이터 집합과 가로형 데이터 집합을 구분합니다. 세로형 데이터 테이블은 열에 표본이 있고 행에 분자 본체(예: 표지자, 유전자, 클론, 단백질 또는 대사물질)가 있는 반면, 가로형 데이터 테이블은 세로형 데이터 테이블을 전치하여 행에 표본이 있고 열에 분자 본체가 있습니다.
프로세스를 위한 입력 데이터 집합을 지정할 때 필요한 형식을 알고 있어야 합니다. 결측 표지자 대치에는 가로형 데이터 테이블이 필요합니다. "테이블" 메뉴의 "전치" 옵션을 사용하면 데이터 테이블을 세로형과 가로형 간에 변환할 수 있습니다.
표지자 데이터는 한 열에 숫자 형식으로 인코딩되어야 합니다. 일반적으로 이 형식을 사용하면 가장 흔하지 않은 대립유전자(마이너 대립유전자)에 대한 동형접합 이배체 개체는 테이블에서 2로 표시되고, 이형접합체는 1로 표시됩니다. 가장 흔한 대립유전자에 대한 동형접합체는 0으로 표시됩니다.