反復測定モデルの式は、yijk = αij + sik + eijkです。ここで、

sikは、互いに独立なN(0, σs2)の正規分布に従うと仮定します。処置の水準数をt、個体の水準数をsとします。eijkの分布は、N(0,Σ)に従うと仮定されます。ここで、

Σのブロック対角成分、つまり、処置iでの個体kがもつ誤差共分散行列を、Σikとします (Σik = Var(yik|sik))。反復測定データの誤差は、多くの場合、独立ではないため、yijk|sikの間の共分散を推定する必要があります。それらの相関を考慮しないで分析した場合、誤った推測になる可能性があります。

Σikに使用できる共分散構造の詳細については、第 “反復共分散構造”と第 “空間的構造”を参照してください。