Gauss過程モデルにカテゴリカルな説明変数が含まれる場合は、相関構造としてGauss相関構造が使用されます。R行列の要素は次のように定義されます。

各カテゴリカル変数における水準の組み合わせごとにτパラメータがあります。ここで、τijは、個体iにおけるカテゴリカル変数の水準と、個体jにおけるカテゴリカル変数の水準との組み合わせに対応します。このため、相関行列の要素rijは、個体i番目のカテゴリカル変数の水準と、個体j番目のカテゴリカル変数の水準に依存します。詳細については、Qian et al.（2012）を参照してください。