JMPのプロジェクトにより、1つの分析に必要なファイルを使いやすくまとめることができます。JMPファイル（レポート、データテーブル、スクリプト、ジャーナルなど）だけでなく、Microsoft PowerPointファイルやAdobe PDFファイルといった外部アプリケーションのファイルも追加できます。分析を実行すると、グラフやレポートがそれぞれプロジェクトのタブに表示されます。プロジェクトには、複数のレポートやグラフを表示できます。また、ログを表示したり、プロジェクトの中でスクリプトを実行することも可能です。レポートやグラフは、データテーブルとリンクしています。
プロジェクトを使えば、JMPウィンドウが重なったり隠れてしまうことを避けられます。プロジェクトを大きく表示するには、プロジェクトウィンドウを最大化します。プロジェクトを保存すると、プロジェクトの状態（たとえば、開いているレポートや、ウィンドウのレイアウト）も保存されます。
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