「階層的クラスター分析」の樹形図は、関係行列に対するクラスター分析の結果です。クラスター分析は、主成分スコアという連続的な指標を求める主成分分析に付随する分析として、各個体をクラスターというカテゴリカルな特徴に分類します。また、求められたクラスター番号はデータテーブルに保存することができ、その後のゲノムワイド関連解析（GWAS; Genome Wide Association Analysis）などの解析に使用することができます。赤い三角形で、［変数間クラスター］オプションをクリックすると、ヒートマップが作成されます。このヒートマップは、すべての個体間の関係を視覚的に調べるのに役立ちます。