「主成分分析」のプロットは、求められた関係行列に対する主成分分析から、個体の主成分スコアを計算し、その主成分スコアをプロットしたものです。これらのプロットによって、個体がクラスターに分けられるかどうか、つまり個体がある部分集団（サブグループ）に分かれているかどうかを視覚化することができます。これは個体間に部分集団が存在するかどうかを視覚的に調べるものです。各個体の主成分スコアは、データ
テーブルに保存することができ、その後のゲノムワイド関連解析（GWAS; Genome Wide Association Analysis）などの解析に使用することができます。